Eksperimentālās hidrobioloģijas nodaļas darbs veltīts ūdens vides veselības un to noteicošo faktoru noskaidrošanai, kā arī inovatīviem risinājumiem vides kvalitātes uzlabošanai. Nodaļas galvenie pētījumu virzieni ir:

• Ekoloģiskā riska noteikšana hidroekosistēmās;

• Biotestēšana - toksisku vielu, piesārņotu ūdeņu un sedimentu toksiskās ietekmes noteikšana ar biotestu palīdzību (dažādos trofiskuma līmeņos);

• Ekotoksikoloģiskie eksperimenti un test;

• Bīstamo aļģu masveida attīstība saldūdens un jūras vidē;

• Aļģu toksīnu bioakumulēšanās un toksiskā iedarbība;

• Baktēriju un aļģu sabiedrības savstarpējā mijiedarbība;

• Jaunu piesārņotāju monitoringa metožu izstrāde.