Ar LR Ministru Kabineta 1994.gada 6.decembra lēmumu Nr. 148 izveidota bezpeļņas organizācija valsts zinātniskā iestāde Latvijas Universitātes Hidroekoloģijas institūts (LUHEI), apvienojot Hidrometeoroloģijas pārvaldes Jūras monitoringa centru un Zinātņu akadēmijas Bioloģijas institūta Jūras laboratoriju. Par reālo institūta darbības uzsākšanas gadu pieņemts 1995.gads.

2006.g. LUHEI sakarā ar Komerclikuma spēkā stāšanās kārtības likumu tika reorganizēts par valsts aģentūru Latvijas Hidroekoloģijas institūtu un pārtrauca saistību ar Latvijas Universitāti.

2007.g. stājoties spēkā "Grozījumiem Zinātniskās darbības likumā", Latvijas Hidroekoloģijas institūts (LHEI) mainīja juridisko statusu no valsts aģentūras uz atvasinātu publisko personu. Kopš 2007.gada 1.jūlija LHEI atradās LR Vides un reģionālās attīstības ministrijas pārraudzībā.

2017.g. 1. novembrī saistībā ar LR realizēto zinātnes politiku un atbilstoši LR Ministru kabineta 2017. gada 9.augusta rīkojumam Nr. 405 (https://likumi.lv/doc.php?id=292793), LHEI reorganizēts par Daugavpils Universitātes aģentūru Latvijas Hidroekoloģijas institūts.